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DNA编码化合物库中On-DNA芳基叠氮化合物的合成方法

DNA编码化合物库的背景DNA编码化合物库(DNAEncodedLIbrary,DEL)是一种通过将有机小分子与DNA序列结合,利用组合化学策略快速构建海量化合物库的技术.自1992年由SydneyBrenner和RIchardLerner提出以来,这一技术在药物研发领域得到了广泛应用.DEL的核心在于通过DNA标签标识每个化合物,并通过PCR技术扩增与靶标结合的分子,从而筛选出具有潜在活性的化合物.目前,DEL的构建方法主要有三种:DNA模板技术(DTCL),DNA记录技术(DRCL)和基于片段的药物设计(FBDD).其中,DRCL由于操作简单,成本较低,成为工业上应用最广泛的方案.然而,DEL的成功构建离不开高效的On-DNA化学反应,尤其是对DNA损伤小,回收率高且底物适应性广的反应.
📌 参考资料/链接:
《有机合成工艺研究与开发》 (尼尔 G. 安德森 著, 陈芬儿 主译, 化学工业出版社, 2018)

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On-DNA芳基叠氮化合物的合成方法

芳基叠氮化合物是一类重要的有机中间体,广泛应用于药物,农药和功能材料的合成.在DEL领域,On-DNA芳基叠氮化合物的合成通常通过On-DNA化合物与含叠氮基的二元试剂反应实现.然而,这类二元试剂稀缺且叠氮试剂具有危险性,限制了其应用.

为了解决这一问题,可开发了一种无需金属催化剂,常温下即可实现的On-DNA芳基叠氮化合物合成方法.该方法以On-DNA芳胺化合物为原料,通过与亚硝酸盐,磺酸试剂和叠氮化试剂的一锅法反应,快速高效地生成On-DNA芳基叠氮化合物.具体反应方程式如下:

DNA-Ar-NH2+NaNO2+RSO3H+N3SIMe3→DNA-Ar-N3

其中,DNA-Ar-NH2为On-DNA芳胺化合物,NaNO2为亚硝酸钠,RSO3H为磺酸试剂,N3SIMe3为叠氮三甲基硅烷.


合成路线与原料选择

合成On-DNA芳基叠氮化合物的第一步是制备On-DNA芳胺化合物.以DNA-NH2为起始片段,与含芳硝基羧酸的二元化合物进行缩合反应,生成On-DNA芳硝基化合物,再通过还原剂B2(OH)4还原为On-DNA芳胺化合物.该步骤的转化率超过50%,为后续反应提供了高质量的原料.

第二步是将On-DNA芳胺化合物与亚硝酸钠,对甲基苯磺酸和叠氮三甲基硅烷混合,在20℃下反应16小时.反应完成后,通过乙醇沉淀回收产物,并通过LC-MS检测转化率.实验表明,转化率超过50%的On-DNA芳胺化合物在第二步反应中的转化率达到48%,且第一步转化率越高的底物在第二步反应中的表现也越好.



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