2-氨基-6-氯嘌呤可用作有机合成与医药化学中间体,其在抗病毒剂泛昔洛韦和泮昔洛韦的合成中有一定的应用.泛昔洛韦,是第二代开环核苷类抗病毒药,主要用于疱疹病毒感染,尤其是带状疱疹;泮昔洛韦主要用于治疗带状疱疹和原发性生殖器疱疹.此外,有相关文献报道2-氨基-6-氯嘌呤可用于药物分子恩替卡韦的合成,恩替卡韦是一种用于治疗乙肝病毒感染的新一代鸟嘌呤核苷类似物口服药,主要用于治疗成人伴有病毒复制活跃和血清转氨酶持续增高,或肝组织学为活动性病变的慢性乙型肝炎,是目前降病毒最快最强,变异几率最低的核苷类似物.
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